通关主线剧情后，玩家仍可通过多种方式深入探索游戏世界。全图鉴收集是最具挑战性的目标之一，需要捕捉包括三圣鸟（闪电鸟、火焰鸟、急冻鸟）、超梦等传说宝可梦在内的所有种类。部分稀有宝可梦需在特定地点触发条件出现，如双子岛推石堵瀑布可遇急冻鸟，无人发电厂深处藏有闪电鸟。全收集过程中需合理利用睡眠粉等状态技能提升捕获效率，并备足高级精灵球。
二周目隐藏内容为游戏注入持续动力。七岛训练师塔开放高难度对战设施，考验玩家战术搭配与队伍强度。华蓝市超梦洞穴解锁后，可挑战70级超梦；根据初始御三家选择不同，炎帝、水君或雷公会随机出现在关东大陆草丛中，需通过存档读档技巧提高遭遇概率。名人记录仪的全对话收集任务要求玩家走访各地NPC，触发隐藏情报以获取特殊奖励。
对战塔与竞技场是检验实战能力的核心场所。玩家需针对不同对手调整队伍属性克制关系，例如搭配水系与电系宝可梦应对火焰鸟。战术层面需注重先手控制与技能衔接，如耿鬼的黑暗眼神能防止逃跑类技能生效。宝可梦培养需关注个体值分配与技能组合，通过反复挑战提升战斗塔连胜记录可获得稀有道具。
探索隐藏道具与区域能完善游戏体验。月见山化石选择影响后续可获得宝可梦种类，彩虹群岛的冰洞、迷宫等地分布着化冰、潮物等关键物品。利用探宝机可发现NPC携带的竞争背、余物等装备，这些道具对战斗辅助效果显著。完善宝可梦乐园设施、提升互动满意度也是长期目标之一。
神兽捕捉与特殊事件需制定周密策略。火焰鸟需水系或岩石系宝可梦压制其火属性技能，而迷你龙等稀有生物依赖高级钓竿与耐心。三圣兽遭遇后固定使用吼叫逃跑，需预先部署踩影子特性宝可梦拦截。游戏内时间机制与地点刷新规则也需纳入考量，例如部分区域仅在夜晚出现特定宝可梦。
成就系统与后续挑战持续拓展游戏深度。完成全图鉴后博士会升级图鉴功能，解锁更多追踪信息。七岛巡游任务涉及解谜与NPC交互，如获取登瀑布技能以抵达隐藏区域。玩家还可通过交换功能补全版本独占宝可梦，或参与非主线剧情如火箭队残党剿灭等，进一步丰富游戏历程。
